Afin de faire taire les critiques essuyées au cours de la saison 1998, Peugeot décida d'augmenter de 30 % son budget pour Prost Grand Prix, et présenta un nouveau V10, entièrement revu, notamment en ce qui concerne la plage d'utilisation. A ceci s'ajoute la conception d'une AP02 en étroite collaboration avec John Barnard et sa société B3 Technologies. La saison semble prometteuse, d'autant plus que le duo Panis-Trulli est reconduit...

Le premier GP de la saison, en Australie, ne donne pourtant guère de satisfaction : Jarno est qualifié en milieu de grille, mais Olivier part de la 20ème place. Au final, les deux pilotes abandonnent. Mais ce faux pas est rattrapé dès le Brésil, avec une magnifique 6ème place d'Olivier ! Son dernier point marqué remontait au GP du Luxembourg en 1997 ! "Je veux vraiment remercier l'ensemble du team qui a fait un grand travail tout au long de ce week-end, et je suis sûr que beaucoup de points suivront celui-ci".

Double abandon à St Marin, mais très belle performance de Jarno à Monaco avec une 7ème place sur la grille et à l'arrivée. Ce dernier confirme cette prestation en Espagne, où il inscrit le point de la 6ème place. Course sans histoire au Canada, où Olivier termine à la 9ème place. A la veille du GP de France, deux points sont déjà dans l'escarcelle de Prost : de bonne augure pour la suite ! Ce GP verra un tir groupé de l'écurie aux 7ème et 8ème places, mais marquera les mémoires avec l'étonnante qualification d'Olivier en 3ème position, obtenue dans des conditions météorologiques particulières il est vrai… "Nous sommes une écurie française, avec un moteur français et un pilote français ! C'est vraiment merveilleux" ajoutera Olivier. 

Les GP d'Angleterre et d'Autriche se ressemblent pour Prost, en terme de performance : qualifications en milieu de grille, et courses terminées assez loin des points. En Allemagne, l'écurie rehausse le niveau tant en qualification qu'en course, notamment avec le point de la 6ème place obtenu par Olivier. Ce dernier était pourtant déçu de sa prestation : "J'ai pris un mauvais départ, ce qui m'a éloigné de la 5ème voire de la 4ème place finale. Je vous promets de plus m'y entraîner !" Les GP de Belgique et de Hongrie voient les deux Prost terminer, mais à nouveau loin des points. Même chose en Italie, où Jarno abandonne tandis qu'Olivier boucle le GP en 11ème position. 

A ce stade du championnat, l'écurie Prost ne possède que 3 points au championnat : maigre butin en comparaison des objectifs désirés… Mais un grand prix "fou" va une nouvelle fois sauver la saison… Tout commence bien lors de ce GP d'Europe, avec la 5ème place d'Olivier en qualification. Les espoirs sont grands de voir bien figurer le français en course… Mais c'est son coéquipier qui va créer l'exploit : parti de la 10ème position sur la grille, Jarno va habilement déjouer les pièges de la pluie et amener son AP02 vers la deuxième place finale ! Dans les derniers tours, il résistera vaillamment aux assauts de Barrichello et de sa Stewart Ford pourtant plus rapide… Le team engrange donc 6 nouveaux points, soit plus que le nombre de points cumulés marqués au cours des 31 derniers GP… 

Mais cette saison ne verra pas d'autre réjouissance, les deux derniers GP (Malaisie et Japon) se soldant par deux double abandons…On notera tout de même la bonne performance en qualification au Japon d'Olivier et Jarno avec respectivement les 6ème et 7ème place, grâce notamment à une nouvelle évolution du V10 Peugeot. Olivier se permettra même d'effectuer le premier tiers de la course en 3ème position, avant son abandon… C'est à lui que revient le mot de la fin : "Je tire mon chapeau à toute l'équipe pour le travail réalisé au cours des deux dernières années. Cela les encouragera tout au long de l'intersaison. Mais ils ne doivent pas se reposer sur leurs lauriers, car il y a un gros potentiel pour la saison prochaine, mais aussi encore beaucoup de travail à accomplir."

L'écurie termine à la 7ème place du championnat constructeur avec 9 points. Jarno et Olivier se placent respectivement 11ème (7 points) et 15ème (2 points). Les progrès sont là, mais il faudra travailler les performances pures et la fiabilité avant de démarrer la prochaine saison…