V10 Ferrari champion du monde, boite de vitesse et train arrière également en provenance de la scuderia, le package 2001 semble fort prometteur. L’AP04 semble être pour sa part bien née, comme en témoignent les brillants essais d’intersaison. Heidfeld parti chez Sauber, c’est l’argentin Mazzacane qui prend place aux côtés de Jean. 

Gaston n’est pas des plus rapides, mais amène avec lui des commanditaires non négligeables (très fort soutien de PSN…). Car le principal problème en ce début de saison, c’est bien le sponsoring :  qui peut de nos jours se permettre d’apposer le nom de son écurie sur les flancs de sa monoplace ? Personne, évidement, mais Prost n’a pas tellement le choix : mieux vaut son logo qu’un espace désespérément vide… En effet, le départ de Peugeot a entraîné le départ de certains sponsors, qui n’ont pu être remplacés… Pour preuve, le budget 2001 de Prost est le plus petit du plateau ; même Minardi en a un sensiblement plus élevé… 

Dès l’Australie, on sent que le potentiel est là : on est loin des performances (faussées) d’intersaison, mais la 14ème place de Jean sur la grille et sa 9ème place en course sont encourageantes. Jean récidive en Malaisie, au Brésil et à St Marin, en terminant respectivement 9ème, 8ème et 9ème. La prestation de Gaston est bien moins performante (3 abandons en 4 courses), si bien qu’Alain Prost décide de le remplacer à partir du GP d’Espagne par le transfuge de chez Jaguar, Luciano Burti. 

Deux nouveaux Top Ten en Espagne et en Autriche pour Jean, par deux fois suivi par le véloce Luciano. A Monaco, après une satisfaisante 11ème place sur la grille, Jean réalise une course magnifique qui le mène à la 6ème place : "Ce premier point me fait tellement plaisir que j'ai l'impression que notre aventure recommence vraiment aujourd'hui. Cela me rend particulièrement heureux d'avoir obtenu ce premier résultat à Monaco. Je me suit vraiment fait plaisir dans cette course, même si vers la fin, j'ai eu très peur lorsque j'ai senti la voiture qui commençait à louvoyer dans le tunnel. En fait, c'est mon pneu arrière gauche qui avait crevé et j'ai du faire un arrêt supplémentaire qui m'a coûté la cinquième place. Mais le plus important est d'avoir marqué ce premier point pour l'équipe aujourd'hui. Je suis heureux aussi pour tous ceux qui nous soutiennent et qui ont cru en nous fidèlement malgré nos difficultés." 

Le Canada va prolonger cet état de liesse, avec un Jean déchaîné qui engrange les deux points de la 5ème place ! "L’équipe m’a donné une voiture très fiable depuis le début de la saison, spécialement dans les deux dernières courses et cela m’a permis de donner le meilleur de moi-même. Ces deux points signifient beaucoup pour nous, et nous les avons bien mérités." Les GP qui suivent (Europe, France, Angleterre) sont plus décevants, notamment en France où Jean et son équipe ne parviennent pas à régler la voiture. La tension est palpable…

En Allemagne, après une énorme frayeur au départ avec l’impressionnante cabriole de Luciano, Jean signe une nouvelle place dans les points en terminant 6ème. Mais rien ne va plus entre Alain et lui. Les récentes tensions internes ont poussé Jean à prendre une décision lourde de conséquences : son départ du team avec effet immédiat. La longue trêve amenant au GP de Hongrie va donner lieu a un jeu de chaises musicales : Jean trouve un baquet chez Jordan, alors que le récent limogé HH Frentzen fait le chemin inverse chez Prost Grand Prix. 

Double abandon en Hongrie, mais coup de théâtre à Spa : HHF réalise le 4ème temps absolu des essais ! Malheureusement, un faux départ l’empêchera d’utiliser cette performance, et il terminera le GP en 9ème position. Mais ce GP sera marqué par l’accident tragique de Luciano, sorti de piste avec la Jaguar d’Irvine. Dans l’indisponibilité de disputer la fin de saison, Alain Prost du lui trouver un remplaçant : le 5ème pilote Prost pour 2001 ! Ayant de gros problèmes financiers, le choix sera porté sur une valeur sûre de la F3000, Tomas Enge, qui en même temps amène de nouveaux sponsors. 

Mais les trois derniers GP de la saison (Italie, USA, Japon) seront sans histoire, la principale raison étant l’absence d’essais de développement tout au long de la saison faute de moyens. 9ème place finale du championnat constructeurs grâce aux 4 points inscrits par Jean, l’écurie quittait pourtant (définitivement ?) sans le savoir le F1 Circus…